O PT lançou Lula para disputar a Presidência da República em 1989, após 29 anos sem eleição direta para o cargo. Desde 1987, quando o PT realizou seu 5º Encontro Nacional, Lula já era o escolhido para ser o nome do partido na disputa presidencial que aconteceria dois anos depois. A presidência do partido foi assumida então pelo sindicalista gaúcho Olívio Dutra.

Apoiado pela Frente Brasil Popular (coligação de partidos de esquerda), Lula assumiu na campanha o Programa Alternativo de Governo, baseado nas questões sociais essenciais ao desenvolvimento do Brasil, como aumento real do salário mínimo, combate à inflação, distribuição de renda, reforma agrária e priorização das áreas de saúde, educação, transporte e moradia.

Pela primeira vez na história do Brasil, os trabalhadores apresentaram um programa de governo com candidato próprio à Presidência da República. Foram abertos centenas de comitês populares. Milhares de militantes, apesar das desigualdades de recursos materiais, fizeram uma campanha que resultou em 11.622.673 votos no primeiro turno.

Lula, com o apoio amplo de forças progressistas, recebeu 31.076.364 votos no segundo turno. Por apenas 6% de diferença perdeu a eleição para Fernando Collor de Mello (PRN), que fez uma campanha milionária e desleal, com ataques pessoais a seu adversário.

Em 1990, Lula organizou e passou a ser coordenador do Governo Paralelo, inspirado no Shadow Cabinet britânico. A inicitiava produziu políticas alternativas, por exemplo, para Educação, Política Agrícola e Segurança Alimentar. No 7º Encontro Nacional do Partido, Lula voltou a assumir a presidência do PT. Na eleição daquele ano, o PT elegeu um senador e trinta e cinco deputados federais.

Presidente corrupto e sem compromisso com a sociedade, Fernando Collor de Mello teve seu impeachment (afastamento definitivo do cargo) aprovado pelo Congresso em dezembro de 92. O partido dirigido por Lula desempenhou um papel fundamental na mobilização nacional na luta contra a corrupção. O ponto de partida foi um requerimento de parlamentares do PT para a criação de uma CPI (Comissão Parlamentar de Inquérito) no Congresso.

No ano seguinte, Lula lançou como palavra de ordem o combate à fome. O PT elaborou um Plano Nacional de Segurança Alimentar que foi entregue ao presidente Itamar Franco. A única medida concreta da proposta ocorreu com a campanha lançada pelo sociólogo Herbert de Souza, o Betinho. A fome passou a integrar os debates nacionais e da imprensa.

Lula começou em maio de 93 as Caravanas da Cidadania. Mais uma vez, o PT o reconduziu à sua presidência. Em abril de 1994, Lula encerrou a última de uma série de seis caravanas, percorrendo 30 mil quilômetros por mais de 400 cidades do interior do Brasil.

Nas caravanas, Lula tomou contato com o Brasil real. Constatou absurdos sociais, que são o resultado de seguidos governos incompetentes, representantes de uma elite corrupta e sem um projeto nacional. Viu também um Brasil que insiste em ser viável, apesar da ausência de governos sérios.

O 9º Encontro Nacional do PT, realizado em Brasília de 29 de abril a 1º de maio de 1994, oficializou a candidatura do metalúrgico, sindicalista e político Luiz Inácio Lula da Silva à Presidência da República.

No 10º Encontro Nacional do PT, realizado em Guarapari/ES, em agosto de 1995, Lula deixa a Presidência do Partido, que é assumida por José Dirceu.

Em 1998, a coligação "União do Povo Muda Brasil" composta pelo PT, PDT, PSB, PcdoB e PCB lança Lula para disputar, pela terceira vez, a Presidência da República. Obteve, então, um percentual de votos superior ao de 1994 (32% x 27%), enquanto seu adversário FHC foi reeleito com um percentual menor que o de 94 (53% x 54%).

Lula foi ainda, o candidato mais votado em dez capitais brasileiras: Porto Alegre (RS), Rio de Janeiro (RJ), Teresina (PI), Fortaleza (CE), Salvador (BA), João Pessoa (PB), São Luiz (MA), Aracajú (SE), Macapá (AP) e Rio Branco (AC).

Em 2002 Lula se candidata novamente à Presidência da República. São treze anos desde a primeira disputa, 22 anos desde a fundação do PT. Neste momento, o partido está amadurecido e isso pode ser facilmente comprovado durante a campanha onde houve um grande esforço para reunir sindicalistas, ONGs e empresários de todos os segmentos numa ação comum pelo país. O PT soube construir uma ampla aliança com outras forças partidárias. O PL, o PcdoB, o PMN e o PCB no 1º turno.

Lula vai para o 2º turno com o candidato do PSDB, José Serra. Nesse momento novas forças vieram somar-se: o PSB, o PPS, o PDT, o PV, o PTB, o PHS, o PSDC e o PGT, além do apoio de setores importantes de outros partidos. Em 6 de outubro de 2002 Lula vence as eleições. São 52 milhões e 790 votos. A esperança venceu o medo e o eleitorado decidiu pela mudança. As eleições foram realizadas em clima de intensa tranqüilidade, um espetáculo democrático, uma vitória da sociedade brasileira. Logo que soube do resultado, já oficialmente divulgado, Lula se manifestou: "Não vou decepcionar o povo brasileiro. A manifestação que brotou ontem do fundo da alma dos meus compatriotas será a minha inspiração e a minha bússola. Serei, a partir de 1º de janeiro, o presidente de todos os brasileiros e brasileiras, porque sei que é isso que esperam os eleitores que me confiaram o seu voto".

O presidente eleito, Luiz Inácio Lula da Silva, presidente de honra do PT, é também conselheiro do Instituto Cidadania, organização não-governamental criada após a experiência do governo paralelo, voltado para estudos, pesquisas, debates, publicações e principalmente a formulação de propostas de políticas públicas nacionais, bem como de campanhas de mobilização da sociedade civil rumo à conquista dos direitos de cidadania para todo o povo brasileiro.